经过前期培育，由南京大学牵头，以复旦大学、浙江大学和上海交通大学为核心参与单位，以中国科学技术大学、中国科学院合肥物质科学研究院为主要参与单位，通过强强联合、优势互补，联合创建了“人工微结构科学与技术协同创新中心”。中心在构成上，以南京大学的国家实验室为核心，按研究平台需求，合理吸收各协同单位相关课题组，组建若干协同创新平台，形成长三角地域的人工微结构及交叉科学的学科、科研和人才培养的联合协同。
中心采用理事会、科学咨询委员会、联合主任及管理委员会、创新平台、课题组长（PI）到科研人员与学生的垂直整合的科学配置，形成“一个基础支撑，六个研究主体，一个应用出口”的模块化平台结构，以实现协同效率最优化。
中心的组织机构形式如下图所示：
