中心实行联合主任负责制。在理事会闭会期间，由中心联合主任通过其下属管理委员会执行理事会的各项决策、全面负责中心的运行和管理。联合主任及管理委员会负责制定中心的战略规划和研究方向、统筹安排各平台创新任务、组织学术交流活动、管理自主科研经费、编写年度报告及进展报告和接受评估等。管理委员会聘名单如下：

陈仙辉、田明亮、许祝安、贾金锋、沈健、刘荧、资剑、陈延峰、陆延青、李建新、施毅、祝世宁

　　中心理事会为中心最高决策机构，由各参加单位和相关职能部门主要负责人组成，对全体成员单位负责。理事会负责协同创新中心的组建、重大政策制定、聘任学术委员会、聘任中心联合主任和平台主任，组织协调人、财、物等资源，为中心提供支撑条件和服务保障。理事会设理事长一名、常务副理事长一名、副理事长若干名，每年至少召开一次全体会议。南京大学人工微结构与量子调控协同创新中心理事会成员如下：

理事长：

陈骏（南京大学  校长）

副理事长：

潘毅（南京大学  副校长）
金力（复旦大学  副校长）
吴朝晖（浙江大学  副校长）
梅宏（上海交通大学  副校长）
朱长飞（中国科学技术大学  副校长）
匡光力（中国科学院合肥物质科学研究院  副院长）

　　中心科学咨询委员会是中心科研和创新工作的咨询和审议机构，其主要职责是对中心学科布局、学术方向、人才队伍建设、国际合作等提出建议，并听取和审议中心年度工作报告。中心理事会聘请具有国际视野、熟悉人工微结构和量子调控领域国内外发展状况、有深厚学术造诣的国内外知名专家组成科学咨询委员会。科学咨询委员会名单如下：

主任：

龚新高

委员（国内）：（按拼音排序）

都有为、甘子钊、葛墨林、龚旗煌、郭光灿、贺贤土、侯建国、雷啸霖、李树深、林海青、南策文、欧阳钟灿、潘建伟、沈健、沈学础、孙昌璞、孙鑫、陶瑞宝、王恩哥、王广厚、王牧、魏炳波、吴培亨、向涛、肖敏、谢心澄、徐至展、薛其坤、邢定钰、杨国桢、叶朝辉、于渌、张富春、张杰、张裕恒、郑有炓、朱邦芬、祝世宁、邹广田

委员（海外）：

Tony Leggett（美国伊利诺伊大学厄巴纳-香潘恩分校）、张翔（美国加州大学伯克利分校）、沈志勋（斯坦福大学）张首晟（斯坦福大学）、R. B. Laughlin（斯坦福大学）、朱经武（休斯敦大学）、沈平（香港科技大学）、聂书明（佐治亚理工大学）

　　经过前期培育，由南京大学牵头，以复旦大学、浙江大学和上海交通大学为核心参与单位，以中国科学技术大学、中国科学院合肥物质科学研究院为主要参与单位，通过强强联合、优势互补，联合创建了“人工微结构科学与技术协同创新中心”。中心在构成上，以南京大学的国家实验室为核心，按研究平台需求，合理吸收各协同单位相关课题组，组建若干协同创新平台，形成长三角地域的人工微结构及交叉科学的学科、科研和人才培养的联合协同。

　　中心采用理事会、科学咨询委员会、联合主任及管理委员会、创新平台、课题组长（PI）到科研人员与学生的垂直整合的科学配置，形成“一个基础支撑，六个研究主体，一个应用出口”的模块化平台结构，以实现协同效率最优化。

　　中心的组织机构形式如下图所示：