设备保障组主要从各协同单位选聘优秀实验技术人才，根据中心内所有大型仪器设备的分类和所处区域，进一步细分设备保障组的功能，下设若干分组，每个分组采取“首席工程师（PE）负责制”，由PE统一协调每个分组，带领团队做好科研资源的管理、共享与开放。中心目前已经设置了6个设备保障组，并选聘出6名PE和24名实验骨干技术人员组建各个设备保障组。最终，设备保障组将形成8个分组、40人的规模。
- 微纳加工技术组（PE：）
- 微结构测试与表征技术组（PE：朱建民）
- 低温保障技术组（PE：王智河）
- 机械加工技术组（PE：谢自立）
- 强磁场物性测量技术组（PE：皮雳）
- 真空保障技术组（PE：马国斌）